Kontroversi hebat muncul di seputar kematian Syekh Siti Jenar yang misterius. Cahaya kemilau yang memancar dari jenazah Syekh Siti Jenar dan bau harum semerbak wangi jenazahnya, bertentangan dengan perlakuan pihak kerajaan Demak Bintoro dan Wali Songo terhadap Syekh Siti Jenar beserta pengikutnya. Lebih misterius lagi adalah sikap Wali Songo yang menukar jenazah Syekh Siti Jenar dengan bangkai …
Siti Jenar, sebagai pelopor ajaran wihdatul wujud, atau manunggaling kawula-gusti (bersatunya makhluk dan khalik), membangkitkan perbedaan pandangan yang tajam dengan Dewan Wali. Khususnya tentang gagasan ketuhanan, hari akhir, surga-neraka, makna kematian dan kehidupan, serta fungsi syariah.